Python のグラフライブラリmatplotlib はデフォルトだと日本語フォントではないため、日本語が正常に表示されません。
設定は簡単です。
まず現在読み込んでいる設定ファイルの位置を確認します。
import matplotlib
matplotlib.matplotlib_fname()
cp /path/to/matplotlib/mpl-data/matplotlibrc ~/.matplotlib
font.serif : Osaka
font.sans-serif : Osaka
ipython --pylab
x=arange(0.0, 2.0, 0.01)
y=sin(2*pi*x)
plot(x,y,"-")
title(u"日本語タイトルです")
xlabel(u'X軸のラベル')
ylabel(u'Y軸のラベル')