2009/09/21にリリースされた Cyberduck 3.3b3 ですが Snow Leopard 利用者がアップデートすると起動はするけれどもウィンドウが表示されません。
Cyberduck の beta 版は http://update.cyberduck.ch/beta/ 以下に置いてありますので、ウィンドウが表示されない人は、 3.3b2 等の旧バージョンを取得して上書きすると良いでしょう。
原因ですがバグで現在 nightly build で修正されていますので次のリリースでは問題ないでしょう。
2009/10/12追記:2009/10/09にリリースされた Cyberduck 3.3b4 にてこの問題は解消されています。
一部の人が 3.3b4 を起動すると接続先に接続しに行く問題(?)が発生しているようですが、設定を確認してください。
環境設定の「一般」に「接続先を記憶し、再起動後に接続」という設定が存在しますので、チェックを外してください。